Veel voorkomende ziektes bij koikarpers zijn:

Parasieten

Costia

Trichodina

Oödinium

Witte stip

Chilodonella

Gyrodactylus

Dactylogyrus

Karperluis

Ankerworm

Virussen

First Cyprinid Herpesvirus ook wel bekend als karper pokken genoemd

Third Cyprinid Herpesvirus (CyHV-3), ook bekend als Carp nephritis en gill necrosis virus (CNGV) en als Koi Herpes Virus (KHV)

Spring viraemia of carp (SVC)